中心以同济大学为牵头单位，以南京大学和中国宜兴环保科技工业园为核心协同单位，协同清华大学、浙江大学、河海大学、中国科学技术大学、中科院南京地理与湖泊研究所、环保部南京环境科学研究所、碧水源、苏净集团、中电环保和聚光科技公司等组建“水污染控制先进技术与装备协同创新中心”，实现了国内最高水平水污染控制技术研发力量与产业发展优势资源的协同与汇聚。高校和科研院所重点协同开展技术创新，并依托高校进行创新型人才培养；园区重点承载技术成果转化和人才实训基地，负责推动技术成果向企业多元转化，企业向研发基地输出目标需求与研发资金资助，同时高校/科研院所为企业培养专业人才队伍，在园区探索产业创新发展过程的特惠支持、税收返回等反哺机制，实现“研在中心、发在产业、研产共赢”持续健康的创新机制。
中心针对国家水污染控制技术与装备产业的重大需求，组建了水污染过程与控制、废水处理与资源化、饮用水安全保障、水污染风险预警与调控、水污染控制装备与技术标准等5个创新团队和人才实训、国际合作、分析检测、成果转化、测试认证等5个公共支撑平台。
