南京大学环境科学系成立于1984年，前身由来自南京大学生物系、化学系以及地理系、地质系等相关学科的环境生物学教研室、环境化学教研室和环境规划与管理教研室共同组成。为我国环境科学领域最早设置环境科学本科专业、硕士点、博士点以及环境科学与工程博士后流动站的主要院校之一。目前该系保留了原有的特色，设有环境化学和环境生物学两个方向。现有正式教职员工35名，其中教授17名（16名为博士生导师），副教授13名，有近半数教师在海外取得博士学位。
 

　　环境科学系以全国重点学科“环境科学”为依托，致力于发挥南京大学文、理、工科齐全的综合优势，在国内兄弟院系中形成了鲜明的特色。教学上在系统学习环境科学基础理论知识的同时，积极发挥学生的实践动手能力，培养环境科学理论知识功底扎实、文理融会贯通、逻辑思维和创新能力强、综合素质高的环境科学与管理专门人才。
 

　　环境科学系设有多个研究方向。目前主要有环境污染化学、环境分析化学、污染生态化学、生态毒理学、环境毒理学、污染生物监测、环境生物技术与污染生物修复等。涉及了当今社会主要的环境污染问题，从基础理论研究到污染控制技术等方方面面。
 

　　该系国际学术交流活动十分活跃，与美国、英国、欧共体、澳大利亚、日本及香港特区建立了长期的合作关系，并选派师生去国外多所大学访问、进修和攻读学位。该系按照“全面培养、强化基础、因材施教”的教学思想，加强基础教学，如计算机、外语、环境学等，同时加强专业基础课教学，如环境监测、环境化学、环境生物学、环境工程、计算机在环境科学中的应用等。自08年起每年选派优秀本科生和研究生前往欧美各著名高校进行科学之旅的交流活动。
 

　　环境科学系坚持理论联系实际，注重人才培养的实用性。毕业生既具有较宽的环境科学基础知识，也在不同的专业方向上有所侧重。毕业生适于在教学、科研、环境管理等部门，以及工业、农业、渔业、水利、卫生、自然保护等部门从事环境保护科学研究、污染控制技术的研究和开发等工作。该系的毕业生深受用人单位的好评，已有一批在国内外环境学界崭露头角并承担重任。